Наруто Shuppuuden начинается с возвращения главного героя в Коноху, после тренировок с Джирайей, он отсутствовал в селении 2,5 года. Сразу (точнее не очень сразу -__-) вход аниме вступает организация которая именует себя как Акацки. Их первая цель-Джинчуурики Песка Гаара с его Бидзю Шукаку. После длинных серий Дейдара схватывает Казекаге(именно им становится Гаара, хорошо хоть не показывали 300 серий выборов Гаары -__-), Преследование (вроде серий 7 оно длится -___-) начинает команда Какаши, так же вступает команда Майто Гая. Какаши приходится столкнуться при приследовании с Итачи Учиха-старшим братом Саске, и тем кто перебил весь клан, точнее с его подменой в виде Джанина Юры. Майто Гай встречается с давним противником-Кисаме, но Гай упорно его не помнит, вместо Кисаме аказывается так же джанин Суны, в общем заканчивается эта миссия тем что Гаара был воскрешон, и Наруто со спокойной душой поскакал домой, у Какаши появился новый шаринган (мангекью) и он бежит в Коноху на спине Гая домой (такой малый яой XD). Дальше в Сюжет вступает Сай ^__^

Продолжение следует в аниме, но лучше читайте мангу