Корень — секретное подразделение АНБУ Конохи, созданное Дандзо и подчинявшееся непосредственно ему, а не Хокагэ. Члены Корня (к слову сказать, в отличие от обычного АНБУ, использующие танто вместо катаны) выполняли миссии, которые, по мнению Дандзо, приносили Конохе наибольшую пользу, хотя с точки зрения Хокагэ могли не являться таковыми. Синоби этой организации, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должны были показывать никаких чувств и быть безразличным к тому, что происходит вокруг. Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Селения Скрытого Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами-друзьями. Кроме того каждый член Корня имел своё собственное кодовое имя и даже не знал оригинального имени своего сотоварища.

С того момента как Дандзо начал вести военную политику, что противоречило идеям Третьего Хокагэ, Корень был расформирован. Несмотря на это ниндзя остались преданны своей организации и продолжали выполнять поручаемые им миссии. Не последнюю роль в такой покорности сыграл тот факт, что Дандзо наложил на каждого члена организации проклятую печать в виде отметины на их языке, благодаря чему ни один из них не может что-либо рассказать ни о Корне ни о его лидере. После смерти Дандзо члены Корня взяли курс на сближение отношений с действующим Хокагэ.